<div dir="ltr">It would appear that you have something wrong with the contents of your user configuration directory since it works if we force a new configuration (what the geany -v -i -c .... does, it stores a new default configuration in the /tmp/... directory).<div>
<br></div><div>It may be something left over from the old version of Geany.</div><div><br></div><div>It looks like you will have to remove the configuration file .config/geany/geany.conf in your home directory with *no* copies of Geany running.  After you have deleted it, start a copy of geany normally (do not open a file just start geany), change the Shell: preference to /usr/bin/R, stop geany, start geany and then see if the R prompt is displayed in the terminal.</div>
<div><br></div><div>Cheers</div><div>Lex</div><div class="gmail_extra"><br></div></div>